DNA甲基化參與一系列重要生物學(xué)過程，包括早期胚胎發(fā)育、基因組印記、X 染色體失活、重復(fù)序列的沉默以及許多人類疾病（如發(fā)育畸形、癌癥、心血管疾病、糖尿病和神經(jīng)心理失調(diào)等）過程中發(fā)揮重要作用，DNA 甲基化也有助于闡明這些重要的生命過程背后隱藏的奧秘。

DNA甲基化是表觀遺傳修飾的主要方式，它是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyl-transferase，Dnmt)催化S-腺苷甲硫氨酸作為甲基供體，將胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?-甲基胞嘧啶（mC）的一種反應(yīng)，它并不改變DNA的一級(jí)結(jié)構(gòu)，卻在細(xì)胞的發(fā)育、基因的表達(dá)、及基因組的穩(wěn)定性中起著重要的作用。CpG島的高甲基化是腫瘤中存在的普遍現(xiàn)象，而啟動(dòng)子CpG島的高甲基化是除突變和缺失外腫瘤中抑癌基因失活的第三種機(jī)制。因此，基因啟動(dòng)子甲基化檢測(cè)在臨床診斷（如甲基化檢測(cè)與CT相結(jié)合）等方面具有很高的應(yīng)用價(jià)值。

目前甲基化分析有很多方式，其中重亞硫酸鹽處理法最為常見，基于此原理也存在不同分析方法，而BSP和MSP是兩種不同的甲基化分析方法。

亞硫酸氫鹽修飾后測(cè)序法 (bisulfite sequencing PCR, BSP)：該方法是通過對(duì)基因組DNA進(jìn)行重亞硫酸鹽處理，非甲基化的胞嘧啶被脫氨基而轉(zhuǎn)變成尿嘧啶，在隨后的PCR反應(yīng)中尿嘧啶轉(zhuǎn)變成胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不能被脫氨基，在反應(yīng)完成時(shí)被保留；然后在非甲基化區(qū)域設(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，我們將擴(kuò)增得到的PCR產(chǎn)物進(jìn)行克隆測(cè)序，就可以分析甲基化發(fā)生的具體情況。

甲基化特異性的PCR法 (methylation-specific PCR，MSP)：該方法是通過對(duì)基因組DNA進(jìn)行重亞硫酸鹽處理，然后在甲基化區(qū)域設(shè)計(jì)甲基化特異性的引物 (M Primer) 和非甲基化特異性的引物 (N Primer)，使用M Primer和N Primer分別進(jìn)行PCR擴(kuò)增，檢測(cè)此MSP擴(kuò)增產(chǎn)物，如果使用M Primer能擴(kuò)增出片段，則說明該被檢測(cè)的位點(diǎn)存在甲基化；若用N Primer擴(kuò)增出片段，則說明被檢測(cè)的位點(diǎn)不存在甲基化。

兩種甲基化分析方法的區(qū)別